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【干貨分享】第六期:探秘核酸提取

2022-02-21

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前言

近日,國(guó)家藥監(jiān)局正式發(fā)布行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)《核酸提取試劑盒(磁珠法)》YY/T 1717-2020。此標(biāo)準(zhǔn)對(duì)核酸提取試劑盒(磁珠法)的分類、技術(shù)要求、試驗(yàn)方法等進(jìn)行了相關(guān)規(guī)范,填補(bǔ)了該領(lǐng)域標(biāo)準(zhǔn)空白,對(duì)于分子診斷行業(yè)產(chǎn)品的長(zhǎng)遠(yuǎn)發(fā)展、以及現(xiàn)階段新冠疫情防控有著重要意義。


在分子診斷領(lǐng)域,核酸提取是實(shí)驗(yàn)中最基本、最重要的環(huán)節(jié),關(guān)系著分子實(shí)驗(yàn)的成敗。磁珠法只是核酸提取方法之一,下面就讓我們來(lái)了解一下核酸提取的原理和各種方法吧~





核酸抽提原理

簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō),核酸抽提包含裂解和純化兩大步驟。裂解是使樣品中的核酸游離在裂解體系中的過(guò)程,純化則是使核酸與裂解體系中的其他成分,如蛋白質(zhì)、多糖、脂質(zhì)、鹽及其它雜質(zhì)徹底分離的過(guò)程。經(jīng)典的裂解液幾乎都含有去污劑(如SDS、Tween20等)和鹽(Tris、EDTA等)。去污劑是通過(guò)使蛋白質(zhì)變性,破壞膜結(jié)構(gòu)及解開(kāi)與核酸相連的蛋白質(zhì),從而實(shí)現(xiàn)核酸游離在裂解體系中。鹽的作用,則是出了提供一個(gè)合適的裂解環(huán)境,還包括抑制樣本中的核酸酶在裂解過(guò)程中對(duì)核酸的破壞、維持核酸結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定等。裂解體系中還有可能加入蛋白酶,促進(jìn)核酸與蛋白質(zhì)分開(kāi)。

常用的純化方法,一是醇沉淀,使用醇將核酸沉淀下來(lái),實(shí)現(xiàn)核酸與鹽的分離。二是介質(zhì)純化,在某些特定的條件下,特殊的固相介質(zhì)可選擇性地吸附核酸,而不吸附蛋白質(zhì)及鹽的特點(diǎn),實(shí)現(xiàn)核酸與蛋白質(zhì)及其它雜質(zhì)的分離。第三,也有不純化的抽提方法,多用于快速提取。其它雜質(zhì)如多糖、多酚,基本上都是在這兩種方法的基礎(chǔ)上,通過(guò)增加一些特別的試劑,或者增加一些額外的步驟來(lái)實(shí)現(xiàn)的。




核酸提取方法

01

酚氯仿法

苯酚和氯仿均為有機(jī)溶劑,其萃取核酸原理是苯酚與氯仿對(duì)于與核酸結(jié)合的蛋白質(zhì)有極強(qiáng)的變性作用,但對(duì)核酸本身沒(méi)有影響。經(jīng)離心后,形成上層水相下層酚/氯仿相,變性后的蛋白質(zhì)溶于酚/氯仿相或者在兩相交界處形成凝膠層,而核酸易溶于水而不溶于有機(jī)溶劑從而留在水相;同時(shí),氯仿可以有助于有機(jī)相與水相的分離和去除溶于水的部分酚。最后,再將核酸通過(guò)乙醇沉淀即可達(dá)到提取的目的。

此法的缺點(diǎn)是:


蛋白質(zhì)難以徹底去除;


操作難度大且費(fèi)時(shí);


使用危險(xiǎn)化學(xué)品。


02

熱裂解法

樣本中加入促細(xì)胞裂解的化學(xué)物質(zhì)(SDS、Tween 20等),可加入蛋白酶K消化一段時(shí)間,也可不加,95℃以上加熱10分鐘左右;高速離心,上清中的DNA即可用于PCR擴(kuò)增。該方法操作簡(jiǎn)便,成本低,一般僅用于血清或體液中病原體核酸的提取。

此方法在臨床應(yīng)用廣泛,但缺點(diǎn)是:


核酸純度低,產(chǎn)量低;


提取出的核酸除了PCR外不能直接用于其它分子生物學(xué)操作。


03

膜過(guò)濾柱法

此種方法是利用核酸表面會(huì)覆蓋一層由水分子構(gòu)成的薄膜,在高鹽環(huán)境下,這層親水膜會(huì)遭到破壞從而核酸可被吸附在離心柱上,而其他雜質(zhì)如蛋白質(zhì)、代謝產(chǎn)物等則會(huì)被離心沉淀與核酸分離。最后通過(guò)洗脫,將核酸從吸附膜上脫離,即可得到純化后的核酸。這也是試劑盒提取中廣泛使用的方法。




但即便如此,該方法仍存在缺點(diǎn):


高度依賴吸附膜的結(jié)合能力;


洗脫不完全導(dǎo)致核酸流失;


無(wú)法大量提取核酸,較難實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化。


04

磁分離法

攜帶正電荷的磁珠易于吸附負(fù)電荷的核酸,主要用于從人血清或血漿樣品中提取DNA 和RNA(例如從血液樣本中檢測(cè)HIV 或HBV 病毒基因組的樣品制備)。一般而言,將樣品與結(jié)合緩沖液和磁珠混合,核酸與磁珠結(jié)合后,經(jīng)過(guò)數(shù)次洗滌與磁場(chǎng)捕獲,洗脫下來(lái)的核酸即可通過(guò)PCR或其它特定方法來(lái)檢測(cè)特定的DNA或RNA。磁分離法也是廣泛應(yīng)用于診斷行業(yè),且能實(shí)現(xiàn)高通量、自動(dòng)化的核酸提取方法。




?伯杰醫(yī)療的核酸提取及純化試劑盒,完全符合最新發(fā)布的行業(yè)標(biāo)準(zhǔn),和高效、簡(jiǎn)便地提出高純度的核酸。試劑盒使用了表面修飾的超順磁性納米微球,小粒徑的磁顆粒擁有更大的表面積,高效結(jié)合核酸,這對(duì)能否從大量樣本中成功提取微量的目的分子至關(guān)重要。配套伯杰全自動(dòng)核酸提取儀,使用15min快速提取模式,輕松實(shí)現(xiàn)“急診樣本4小時(shí)出報(bào)告”的最新要求。



●第一期:q-PCR陰性樣本擴(kuò)增曲線下沉?

●第二期:顏色補(bǔ)償那些事兒

●第三期:分析PCR結(jié)果,還在使用自動(dòng)閾值線?

●第四期:PCR結(jié)果分析,自動(dòng)基線也別用啦

●第五期:數(shù)字PCR知多少


關(guān)于伯杰醫(yī)療

上海伯杰醫(yī)療科技有限公司是一家致力于感染性病原體分子診斷試劑研發(fā)和應(yīng)用,深耕于多重?zé)晒?PCR 診斷試劑和痕量病毒二代測(cè)序試劑及相關(guān)服務(wù)的國(guó)家高新技術(shù)企業(yè)。公司圍繞感染性病原體這一主線,從診斷試劑、診斷儀器、測(cè)序服務(wù)和醫(yī)檢所服務(wù)等多個(gè)面提供全套解決方案。公司秉承“勇于創(chuàng)新,質(zhì)量為先”的方針,為醫(yī)療機(jī)構(gòu)、疾控公衛(wèi)、高??蒲械群献骰锇樘峁﹥?yōu)質(zhì)產(chǎn)品與服務(wù)。

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